宋彬彬等人的大字报贴出一天以后，6月3日，由共青团中央派出的“工作组”来到师大女附中，一进校就宣布对宋彬彬等人的热烈支持。工作组取代原校领导掌管了学校，原校领导“靠边站”。工作组建立了“文化革命委员会”，工作组长担任主任，宋彬彬等最早写大字报的学生成为副主任。每个年级有一个代表成为委员会成员。这个委员会的学生成员，除一人以外，其他都是该校当时父亲地位最高的干部子女。这种情况也发生在北京的其他中学。
在卞仲耘掌管学校的时候，学校给予高干子女一些特别的关心，班级和学生会干部中有不少高干子女，但是学生干部还是选举产生的，普通人的子女也能当学生干部.虽然并没有“每个学生是平等的”这样的说法，但是学校当局显然并没有认为大官的子女就应该在学校里也垄断权力、当学生中的大官，这也是多少年来教育界的传统和原则。在皇帝时代，科举考试制度就是相对独立于权力系统外的。只是在文革大规模开始之后的第一个月，在学校里才出现了这种在校园里高干子女掌权的现象。他们最先发起攻击学校当权者的行为，后来被称为听起来相当浪漫的“造反”。其实，看看事实，就知道这不但不是什么向权势者“造反”，而且从开始就是极权势力的一次直接扩张。
工作组进校之后，学校停课，用全部时间搞文革，也就是开会、贴大字报以及学习毛泽东著作和中共中央关于文革的指示。工作组制定了从“普遍揭发”到“重点揭发”两大步骤的计划。学校的老师和负责人都成了被“揭发”的对象。学生对老师，先是直呼其名，进而咒骂喝斥。整个学校贴满了大字报攻击学校原领导人和教师。几乎每个老师都被大字报攻击。
在大字报上，卞仲耘的一条“罪状”是参与前中共北京市委“搞军事政变的反革命活动”。且不论是否有这样一个军事政变阴谋，即使有，也不可能会让一个中学付校长知道。但是没有人发出质疑，也不准本人辩解。
卞仲耘的另一“罪状”是“反对党的阶级路线”，主要证据之一是，在数年以前国家主席刘少奇的一个女儿曾经因两分之差未被师大女附中录取。实际情况是，当时重点中学有录取分数线，对入线者，优先录取干部子女。刘少奇的女儿差两分达不到分数线，学校请示了中共北京市委和教育局，上面指示不录取。
卞仲耘还有一条“罪状”是“反对毛主席”，证据之一是，1966年3月北京的邻近地区发生地震，为学生的安全，学校当局告诉学生，若地震发生，要赶快离开教室。有学生问是不是要把教室里挂的毛主席像带出来（当时每个教室的黑板上方都挂有毛泽东的像），卞仲耘未正面回答这个问题，没有说要也没有说不要。
这些“罪状”，其实如果允许讨论，中学生也会懂得是完全不能成立的。但是工作组大力支持，推波助澜，这类大字报越写越多。这些大字报还被分门别类整理，并用蜡纸刻写后油印出来，装订成册。在卞仲耘的这一册上，卞仲耘的“罪状”的分类条目是：
反毛泽东思想，诬蔑党的方针政策，反党反社会主义反三面红旗，反对党的政策，破坏文化大革命，智育第一，追求升学率，反对和工农结合，精心培养修正主义苗子，培养资产阶级教师队伍，反革命暴动和与黑帮联系，低级趣味。
这样的罪状大纲在文革中也被用于其他大量的“牛鬼蛇神”。今天我们从这样的材料以及当时的罪状罗列方式，可以在一定程度上看到这一“革命”的实质内容，它在打击了具体的人物如卞仲耘的同时，还彻底贬损了“智育”、“升学率”这些观念，并高度强调突出“毛泽东思想”、“党”、“社会主义”、“三面红旗”这些概念的无上权威。除了这类政治性术语的攻击以外，大字报上有大量的谩骂和侮辱性词语。卞仲耘的名字被打上了红叉，后来就只被写成“卞贼”等等。以下所录的是学生所写的大字报之一，1966年6月下旬贴在她家的门上：
漏网的大右派，与前市委有密切联系的大黑帮份子，反共急先锋，对革命师生实行资产阶级专政的大混蛋，大恶霸，你他妈的放老实点，否则饶不了你。
还有一张贴在她的卧室门上：
狗恶霸，卞毒蛇，你他妈的听着，你再敢骑在劳动人民头上耀武扬威，我们抽你的狗筋，挖你的狗心，砍你的狗头。你他妈的别妄想东山再起，我们要断你的孙，绝你的种，砸你个稀巴烂。
这就是文革开始后中学女生所使用的语言：粗鲁，无理，野蛮，充满暴力性。“他妈的”，就是在那个时候开始在校园里被当作“革命”风格而普遍使用的。“他妈的”后来成为红卫兵语言的特征之一。
仅卞仲耘一个人被贴的大字报抄件，就有十万来字长，录自数百份大字报。当时，一张大字报纸的价钱是五分，中学生食堂的伙食费是每天三角。不算人力，每份大字报的笔墨纸张加浆糊的成本，就相当于一天的饭钱。在文革中，当局无限提供制作大字报的纸张、毛笔、墨汁和浆糊。实际上，如果只有当局思想上的鼓动而没有这种物质上的支持，这样的“运动”也是无法形成的，也只有控制了精神和物质的所有资源的当局，才可能发动这样的“革命”。
1966年6月23日，工作组主持召开对卞仲耘的“揭发批判大会”。全校师生员工参加。大会开始后，几个学生把卞仲耘押到台上，把其他四个学校负责人押在台下。在这样的大会上，被斗者九十度大弯腰，以示“低头认罪”；上台“揭发批判”者，都作气愤填膺状，声音高八度，讲话时挥拳头跺脚。对不少这样的人来说，表演的需要和自我膨胀感，使他们根本不会考虑被批斗者的身心遭遇。会中，有学生跑上台，用学校自制的枪头包有铁皮的假步枪，这个一枪，那个一枪，把卞仲耘捅倒在地。卞仲耘几次倒下，每次有人用冷水浇她的头，然后揪着她的头发把她拖起来。工作组不加干涉，继续对卞仲耘“揭发批判”。会后，卞仲耘给上级写了一封长信。她在信中写道（引自原件底稿）：
在群情激愤之下，我就被拷打和折磨了整整四五个小时：戴高帽子，“低头”（实际上是将上身弯到和下肢成九十度），罚跪，拳打、脚踢，手掐，用绳索反捆双手，用两支民兵训练用的步枪口捅脊背，用地上的污泥往嘴里塞，往脸上抹，往满脸满身吐吐沫。她当时处于受攻击的地位，这封信里的描述应是不含夸张的，因为她是希望得到一点保护，而不是要批评文革。如果她造假，“诬蔑群众运动”会成为更大的罪名。她写这封信，是希求上级能出面帮助她。这封信没有得到答复。
“工作组”把学校负责人和教员以及学生都作了“排队”和“划类”，即按照“问题”的严重程度分成四类：一类是“好的和比较好的”，二类是“有错误的”，三类是“有严重错误的”，四类就是“资产阶级右派”。按照西城区工作组负责人、共青团中央书记处书记胡启立向邓小平的汇报，西城区的“划类”结果是：北京西城区的61所中学，一类3・3％，二类33・3％，三类58・4％，四类5％；476个中学领导干部，一类4％，二类42％，三类40％，四类14％。师大女附中被划为“四类”学校。卞仲耘和另一副校长胡志涛都被定为“四类”。
工作组1966年7月3日所写的“四类学校师大女附中领导核心排队的初步意见”中，关于卞仲耘，写道：
多年来一贯反对学习毛主席著作，诬蔑党的路线方针政策；顽固地推行修正主义教育路线，收罗和重用一批资产阶级知识分子和反动份子；极力向青年师生放毒，精心培养修正主义苗子；搞宗派活动，培植个人势力；贪生怕死，追求低级趣味，十分欣赏武则天、杨贵妃、慈禧太后等荒淫无耻的私生活，有时讲话非常低级庸俗。划为四类。
这些就是把卞仲耘定为“四类”的“理由”!这份文件的行文，显示了那时的文革当局如何给人定罪以及用什么标准定罪。工作组所列的这些“理由”中，第一项不是事实；第二、三项是基于认定教师都是“资产阶级知识分子”的前提，实际上任用教师并不是中学校长如卞仲耘所能控制的事情，教科书都是统一编写的，教学大纲是教育部制定的，教师是“统一分配”来的。另一项“贪生怕死”是指她曾劝人要花钱买营养食品之类，“贪生怕死”能成为划作“四类“的根据，是典型的荒唐的文革标准。至于“有时讲话非常低级庸俗”，不过是指卞仲耘曾经告诉同事，她比较适合穿绿颜色的衣服等等。这类私人谈话在大字报上被“揭发”出来，就成为定罪材料。另外，这一材料未经卞仲耘本人看过，更谈不上让她说明事实或自我辩护。
对被划成“四类”的人，工作组不但开大会“斗争“，而且决定在运动结束后送到农村劳动。这是一个相当冷酷的决定，而作这决定的就是多年来领导卞仲耘的上级们。当“革命”需要打击对象的时候，上级们就可以翻脸不认人，把一个个活人当作靶子抛出来，批判斗争，处分惩罚。冷酷是文革的一个重要特征。7月5日，邓小平召见师大女附中工作组听取汇报，并对他们作了指示。从谈话记录可以看出，邓小平看到了卞仲耘的上述求助信，他要工作组适当处理。邓小平询问“斗”了卞仲耘几次、是否打了她，工作组报告打了一次，邓小平立刻强调了不要打人。另外，对西城区的排队“比例”（见上文），邓小平提出，要“争取一部分三类变成二类”。但是，对工作组把师大女附中划为“四类学校”以及把卞仲耘和胡志涛两个副校长划成“四类干部”，邓小平没有表示异议。邓榕在《我的父亲邓小平“文革”岁月》一书中，写到了当年邓接见师大女附中工作组时的讲话，但是把日子提前了一个月，错写成1966年6月4日，并且省略了关于卞仲耘和把学校负责人“划类”的部分。此书也未提到卞仲耘或任何其他人被划成“四类”以及后来被打死。(《我的父亲邓小平－－“文革”岁月》,北京，中央文献出版社，2000年6月，这一讲话见第19页。)
1966年6月在北京领导文革的，是当时的国家主席刘少奇和中共中央总书记邓小平。刘少奇曾经亲自听取北京师范大学第一附属中学的工作组汇报，并就如何“斗”师大一附中的校长刘超等作了详细指示。上文说到，大字报曾攻击师大女附中没有录取刘少奇的一个女儿，那个女儿后来进了师大一附中，文革开始后，她在师大一附中最早写大字报攻击该校学校领导。
刘少奇和邓小平的安排是：在对中学校长和教职员进行了一个多月的群众性的“揭发”与“斗争”后，命令所有的教职员工“集训“，即集中居住，揭发问题，逐一检查交代，分批检讨过关，然后对“问题”大的人“定性处理”，最后，在秋天结束“运动”。不仅北京，全国的中学都如此作，包括学校稀少的边远地区。在很多地方，中学教员全部离家到专区所在地集中。在那一过程中，有相当一批教育工作者自杀了。
在师大女附中，1966年7月23日，全体教职员住在马神庙小学“集训”，大部分学生被送去军队“军训”，一部分被认为“有问题”的学生不被准许参加军训，而是被送去农村劳动，一小部分“左派学生”留在城里参与对教职员工的清查以及定案工作。
三、死于红卫兵暴力
上文写到，在刘少奇和邓小平领导文革的时期，卞仲耘已经在6月23日大会上遭到殴打和折磨。但是，如果照刘少奇和邓小平的模式作下去，卞仲耘虽然已经被划为“四类”干部并将遭到严重处理，却不至于被活活打死。1966年6月18日，北京大学的一些学生没有经过工作组的批准，自行“斗争”了几十个“黑帮”和“反动学术权威”，打他们，给他们戴高帽子，强迫他们下跪，用绳子勒他们的脖子，往他们脸上涂墨，等等。北大工作组批评了这种做法。刘少奇把北京大学工作组的简报转发全国，他的批语说：“中央认为北大工作组处理乱斗现象的办法，是正确的。”他并不是反对“斗”，但是反对“乱斗”，也就是说，他要的是在“工作组”领导下的“斗”。
