中华民国前副总统吕秀莲，星期五接受媒体采访时说，陈云林来台让国民党高层与马总统之间的关系，起了非常严重的政治变化。而民进党和本土派也需要修补，吕秀莲认为中共不只渗透台湾社会，也透过陈云林来台分化台湾政党。 

媒体报导，陈云林来台期间，马英九总统因为顾及社会观感，不希望政党人士密集宴请陈云林，引发部分国民党高层人士不满。而日前发生抗议人士与警方发生流血冲突，也引发民进党与本土派关系变化。对于陈云林来台引发的政治效应，前副总统吕秀莲在出席玉山周报座谈会时说：「一个陈云林来到台湾，已经可以让绿营发生政治生态变化，也可以让国民党执政当局马总统跟他身边的人也发生变化，这更值得大家观察。它造成的裂痕才是值得我们看，中国共产党已经不战而屈人之兵，它已经有效分化台湾，分裂台湾，有效分裂国民党，这个才是真正的危机。」 

吕秀莲认为陈云林在中国的官阶并不高，却在台湾享有如胡锦涛的危安层级，吕秀莲强调两岸交流，必须要强化敌我观念，不应该对中共官员过度奉承。 

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